Η ιστορία των Βαλκανίων κατά τον 19ο αιώνα σφραγίστηκε από την ανάδυση των αλληλοσυγκρουόμενων βαλκανικών εθνικών επιδιώξεων. Αρχικά οι Σέρβοι κέρδισαν την αυτονομία τους (1812-1815). Στη συνέχεια οι Έλληνες, πρώτοι απ’ όλους τους Βαλκάνιους, ίδρυσαν ανεξάρτητο εθνικό κράτος. Οι σχετικές κινήσεις των Βουλγάρων εκφράστηκαν με τη δημιουργία της Εξαρχίας, της ανεξάρτητης βουλγαρικής εκκλησίας, το 1870 (βλέπε ενότητα 14).

Η βαλκανική κρίση των ετών 1875-1878 Παράλληλα, η ανάδυση των εθνικών ιδεών προκάλεσε επαναστάσεις στην Ερζεγοβίνη, στη Βοσνία και στη Βουλγαρία (1875-1876). Η Οθωμανική αυτοκρατορία απάντησε με μαζικές σφαγές και η Ρωσία, αντιδρώντας, της κήρυξε τον πόλεμο (1877). Λίγο αργότερα ξέσπασαν στη Θεσσαλία, στη Μακεδονία, στην Ήπειρο και στην Κρήτη επαναστάσεις των ελληνικών πληθυσμών (1878).

Η συνθήκη του Αγίου Στεφάνου (Φεβρουάριος 1878) Η ρωσική επικράτηση στον ρωσοτουρκικό πόλεμο υποχρέωσε τον σουλτάνο να υπογράψει τη συνθήκη του Αγίου Στεφάνου (Φεβρουάριος 1878). Κύριος όρος της ήταν η δημιουργία της αυτόνομης ηγεμονίας της Βουλγαρίας, της «Μεγάλης Βουλγαρίας» όπως ονομάστηκε, που περιλάμβανε πολλές περιοχές με πυκνή ελληνική παρουσία. Με τις αποφάσεις του Αγίου Στεφάνου, υπονομεύονταν τόσο οι ελληνικές επιδιώξεις όσο και τα αγγλικά συμφέροντα στην περιοχή.

Το συνέδριο του Βερολίνου (Ιούνιος 1878) Αντιδρώντας η Μ. Βρετανία και η Γερμανία, απαίτησαν αναθεώρηση της συνθήκης. Με πρωτοβουλία τους συγκλήθηκε, τον Ιούνιο του 1878, το συνέδριο του Βερολίνου. Εκεί η βρετανική και η γερμανική διπλωματία δήλωσαν ότι δεν θα αποδέχονταν την ίδρυση ενός μεγάλου βουλγαρικού κράτους. Έτσι, αντί της «Μεγάλης Βουλγαρίας» δημιουργήθηκαν μια πολύ μικρότερη αυτόνομη Βουλγαρία και μια αυτόνομη Ανατολική Ρωμυλία (τότε, νότια της Βουλγαρίας˙ σήμερα, η νότια Βουλγαρία), και οι δύο υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου. Η Σερβία, η Ρουμανία και το Μαυροβούνιο κηρύχθηκαν ανεξάρτητες. Η Μακεδονία, η Θράκη και η Ήπειρος παρέμειναν στην Οθωμανική αυτοκρατορία. Η διοίκηση της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης ανατέθηκε στην Αυστροουγγαρία. Η Κύπρος παραχωρήθηκε στην Αγγλία.

Η ενσωμάτωση της Θεσσαλίας και της Άρτας στην Ελλάδα (1881) Μετά από ελληνοτουρκικές διαπραγματεύσεις, η Θεσσαλία (εκτός από την περιοχή της Ελασσόνας) και η επαρχία της Άρτας ενσωματώθηκαν στο ελληνικό κράτος το 1881.

Η προσάρτηση της Α. Ρωμυλίας από τη Βουλγαρία (1885) Το 1885, ωστόσο, οι Βούλγαροι, παραβιάζοντας τις αποφάσεις του συνεδρίου του Βερολίνου, προσάρτησαν την Α. Ρωμυλία, περιοχή με σημαντική ελληνική παρουσία. Αντιδρώντας η Σερβία κήρυξε τον πόλεμο στη Βουλγαρία. Στην Ελλάδα, η κοινή γνώμη αξίωνε ένοπλη επέμβαση, αλλά η κυβέρνηση, πιεζόμενη από τις Δυνάμεις, έμεινε ουδέτερη.

Μακεδονικό ζήτημα και μακεδονικός αγώνας Ο αγώνας για τον έλεγχο της Μακεδονίας, που ήταν τότε τμήμα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, ονομάστηκε μακεδονικό ζήτημα. Έλληνες, Βούλγαροι και Σέρβοι διεκδίκησαν, με βάση τις δικές τους εθνικές επιδιώξεις ο καθένας, την ενσωμάτωση ολόκληρης ή ενός τμήματος της Μακεδονίας. Η σύγκρουση εκδηλώθηκε αρχικά ως αγώνας για τον έλεγχο της εκπαίδευσης και της θρησκευτικής συνείδησης των κατοίκων. Σύντομα, όμως, πήρε ένοπλη μορφή.

Το 1893 ιδρύθηκε στη Θεσσαλονίκη από Βούλγαρους της Μακεδονίας η Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση (ΕΜΕΟ) που διακήρυττε ότι είχε σκοπό την ένωση των πληθυσμών της Μακεδονίας και της Θράκης, ανεξαρτήτως εθνικότητας, για την αποτίναξη του οθωμανικού ζυγού και την αυτονόμηση της Μακεδονίας. Το 1895 σχηματίστηκε στη Σόφια η Ανώτατη Μακεδονική Επιτροπή (Komitet), με στόχο τον ξεσηκωμό όλων των κατοίκων της Μακεδονίας κατά της οθωμανικής εξουσίας, για τη δημιουργία μιας αυτόνομης Μακεδονίας που θα ενωνόταν με τη Βουλγαρία. Γύρω στα 1898 οργανώθηκαν στη Μακεδονία ένοπλες ομάδες Βουλγάρων, που έμειναν γνωστοί ως «κομιτατζήδες» (Komitet = Επιτροπή).

Παράλληλα, άρχισε και η ενεργή, αν και ανεπίσημη, ελληνική ανάμειξη. Στα 1896-1897 έφτασαν στη Μακεδονία οι πρώτες ελληνικές ένοπλες ομάδες και άρχισαν να εμπλέκονται σε συγκρούσεις με ομάδες κομιτατζήδων. Επιπλέον, δραστηριοποιούνταν στην περιοχή και διάφοροι Έλληνες, όπως ο μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός Καραβαγγέλης και οι διπλωμάτες Ίων Δραγούμης και Λάμπρος Κορομηλάς. Τον Ιούλιο του 1903 οργανώθηκε από την ΕΜΕΟ εξέγερση στη Μακεδονία (εξέγερση του Ίλιντεν), η οποία καταπνίγηκε από τον οθωμανικό στρατό. Από τις αρχές του 1904 άρχισαν να φτάνουν στη Μακεδονία Έλληνες αξιωματικοί, ενώ στις συγκρούσεις εμπλέκονταν πλέον και τουρκικά στρατεύματα. Από τους Έλληνες που πήραν μέρος στον μακεδονικό αγώνα, ξεχωριστή μορφή υπήρξε ο Παύλος Μελάς, που άφησε την τελευταία του πνοή στη Μακεδονία.

Το κίνημα των Νεοτούρκων (1908) Ενώ αυτά συνέβαιναν στη Μακεδονία, τα όλο και πιο έκδηλα συμπτώματα παρακμής της Οθωμανικής αυτοκρατορίας ώθησαν Τούρκους αξιωματικούς, αστούς και διανοούμενους στην ίδρυση της οργάνωσης Ένωση και Πρόοδος, με στόχο την αντίδραση στην παραπάνω κατάσταση. Τα μέλη της έγιναν γνωστά ως Νεότουρκοι, ονομασία που δείχνει ότι προέτασσαν την εθνική τους ταυτότητα κι όχι τη θρησκευτική (μουσουλμανική). Το καλοκαίρι του 1908 ξέσπασε στη Θεσσαλονίκη το κίνημα των Νεοτούρκων, που με τις φιλελεύθερες εξαγγελίες του προκάλεσε, αρχικά, τη συμπάθεια των βαλκανικών λαών. Οι Νεότουρκοι υποχρέωσαν τον σουλτάνο να παραχωρήσει σύνταγμα. Παράλληλα, δόθηκε αμνηστία στους ένοπλους Έλληνες και Βούλγαρους και έτσι έλαβε τέλος ο μακεδονικός αγώνας.