Μορφές πολιτικής οργάνωσης με τοπικό χαρακτήρα Προκειμένου να εδραιωθεί η επανάσταση, χρειάζονταν, εκτός από πολεμική προσπάθεια, ανεφοδιασμός των ελληνικών στρατευμάτων και πολιτική οργάνωση των περιοχών που απελευθερώνονταν. Παράλληλα, επιτακτική ήταν και η ανάγκη διαχείρισης των εθνικών γαιών ή εθνικών κτημάτων, δηλαδή των ακίνητων οθωμανικών περιουσιών που είχαν περάσει στον έλεγχο των Ελλήνων. Αυτές τις ανάγκες ανέλαβαν να καλύψουν οι τοπικοί οργανισμοί, δηλαδή πολιτικοί σχηματισμοί τοπικού χαρακτήρα, ένα είδος τοπικών κυβερνήσεων. Οι περισσότεροι ελέγχονταν από προεστούς, Φαναριώτες και ιεράρχες. Η παρουσία σε αυτούς εκπροσώπων των κατώτερων τάξεων ήταν σπάνια.

Ανάμεσα στα πολλά τέτοια σώματα που δημιουργήθηκαν, τα σημαντικότερα ήταν η Πελοποννησιακή Γερουσία, που συστάθηκε με πρωτοβουλία Πελοποννήσιων προεστών, δίχως τη συμμετοχή κανενός άλλου φορέα του Αγώνα, η Γερουσία της Δυτικής Χέρσου Ελλάδος (Δ. Στερεάς Ελλάδας), που είχε επικεφαλής τον έμπειρο Φαναριώτη πολιτικό Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, και ο Άρειος Πάγος, που διοικούσε την Α. Στερεά Ελλάδα και είχε επικεφαλής τον επίσης Φαναριώτη Θεόδωρο Νέγρη.

Η συγκρότηση τοπικών οργανισμών, παρ’ ότι αναμφισβήτητα βοήθησε στην αντιμετώπιση ορισμένων επειγόντων προβλημάτων, έφερε στην επιφάνεια και διαμάχες. Αυτές κλιμακώθηκαν από το καλοκαίρι του 1821, όταν έφτασε στην Πελοπόννησο ο Δημήτριος Yψηλάντης, αδερφός του ηγέτη της Φιλικής Εταιρείας Αλ. Yψηλάντη, ως εκπρόσωπός του, για να αναλάβει την ηγεσία του Αγώνα. Τότε, αρκετοί οπλαρχηγοί και Φιλικοί, που κατηγορούσαν τους προεστούς, τους Φαναριώτες και τους ιεράρχες ότι επιχειρούσαν να μονοπωλήσουν τη διαχείριση της εξουσίας, συσπειρώθηκαν γύρω του. Μάλιστα, το καλοκαίρι του 1821, όταν οι προεστοί της Πελοποννήσου αρνήθηκαν να συνεργαστούν με τον Yψηλάντη, απειλήθηκαν, και μάλιστα δύο φορές, με σφαγή από εξοργισμένους αγωνιστές. Σώθηκαν τελικά, μόνο χάρη στις παρεμβάσεις του Κολοκοτρώνη.

Η Α΄ Εθνοσυνέλευση Η ανάγκη ενιαίας διεύθυνσης του Αγώνα οδήγησε, σύντομα, στην απόφαση κατάργησης των τοπικών οργανισμών και δημιουργίας κεντρικής διοίκησης. Έτσι, προκηρύχθηκαν εκλογές για την ανάδειξη παραστατών, δηλαδή εκπροσώπων του λαού που θα αποτελούσαν την Εθνική Συνέλευση.

Η Α΄ Εθνοσυνέλευση έγινε κοντά στην Επίδαυρο (Δεκέμβριος 1821-Ιανουάριος 1822), έμεινε γνωστή ως Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου και ψήφισε το πρώτο ελληνικό σύνταγμα, γνωστό ως σύνταγμα της Επιδαύρου. Ήταν ένα κείμενο έντονα επηρεασμένο από τα συντάγματα της γαλλικής επανάστασης, με το οποίο ανακηρυσσόταν η ελληνική ανεξαρτησία και θεσπιζόταν το πολίτευμα της αβασίλευτης δημοκρατίας. Η τελευταία ρύθμιση αποτελούσε μοναδική εξαίρεση σε όλη την Ευρώπη, όπου επικρατούσε τότε η βασιλεία. Έχοντας επίγνωση αυτής της διαφοράς, η Εθνοσυνέλευση έσπευσε να διακηρύξει ότι η επανάσταση ήταν εθνική και δεν είχε κοινωνικοανατρεπτικές προθέσεις. Τέλος, η διοίκηση ορίστηκε ότι θα αποτελούνταν από δύο σώματα με ετήσια θητεία, το Εκτελεστικό (κυβέρνηση), με πέντε μέλη, και το Βουλευτικό, με 70 μέλη. Πρόεδρος του πρώτου εκλέχτηκε ο Αλ. Μαυροκορδάτος και του δεύτερου ο Δ. Yψηλάντης.

Η Β΄ Εθνοσυνέλευση Σε συνθήκες πολιτικής έντασης έγινε στο Άστρος της Κυνουρίας η Β΄ Εθνοσυνέλευση (Μάρτιος-Απρίλιος 1823). Εγκρίθηκε μια νέα, ελαφρώς τροποποιημένη, εκδοχή του συντάγματος της Επιδαύρου, ο νόμος της Επιδαύρου, καταργήθηκαν όλοι οι τοπικοί οργανισμοί, καθώς και το αξίωμα του αρχιστράτηγου που έφερε έως τότε ο Κολοκοτρώνης. Πρόεδρος του Εκτελεστικού ορίστηκε ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης και πρόεδρος του Βουλευτικού ο Α. Μαυροκορδάτος.

Ο εμφύλιος πόλεμος Η πολιτική ένταση δεν άργησε να οδηγήσει σε εμφύλια σύρραξη, που εκδηλώθηκε το φθινόπωρο του 1823, αρχικά ως σφοδρή πολιτική σύγκρουση και λίγο αργότερα ως ανοιχτή ένοπλη αναμέτρηση.

Οι αντιθέσεις ανάμεσα στους Έλληνες που προεπαναστατικά διέθεταν εξουσία και τώρα επιδίωκαν να τη διατηρήσουν (πρόκριτοι, ιεράρχες, Φαναριώτες) και σ’ εκείνους που αναδείχτηκαν στα πεδία των μαχών και θεωρούσαν αυτονόητο δικαίωμά τους την πρωταγωνιστική συμμετοχή τους στα κοινά (οπλαρχηγοί, Φιλικοί), οι τοπικιστικές αντιθέσεις, οι διαφωνίες για τη διαχείριση των χρημάτων του δανείου που είχε συναφθεί στην Αγγλία και οι καθαρά προσωπικές αντιπαλότητες και φιλοδοξίες γέννησαν την εμφύλια διαμάχη.

Αρχικά (φθινόπωρο 1823-καλοκαίρι 1824) συγκρούστηκαν δύο παρατάξεις με επικεφαλής τους Θεόδωρο Κολοκοτρώνη, αντιπρόεδρο του Εκτελεστικού, και Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο, πρόεδρο του Βουλευτικού. Όταν ο τελευταίος εξασφάλισε την υποστήριξη των ισχυρότερων προκρίτων της Πελοποννήσου και της Ύδρας, ο Κολοκοτρώνης αναγκαστικά υποχώρησε.

Κατόπιν (Ιούλιος 1824-Ιανουάριος 1825), ο Μαυροκορδάτος και οι Yδραίοι συμμάχησαν με τον Ιωάννη Κωλέττη, που επηρέαζε πολλούς οπλαρχηγούς της Στερεάς Ελλάδας, και απέκλεισαν τους Πελοποννήσιους από την εξουσία. Όταν οι τελευταίοι συνασπίστηκαν, στρατεύματα από τη Στερεά λεηλάτησαν τη βόρεια Πελοπόννησο αναγκάζοντας τους Πελοποννήσιους να συνθηκολογήσουν. Οι νικητές φυλάκισαν τον Κολοκοτρώνη και τον Οδυσσέα Ανδρούτσο, που λίγο αργότερα δολοφονήθηκε.

Η Γ΄ Εθνοσυνέλευση Η Γ΄ Εθνοσυνέλευση συγκλήθηκε το 1826 στην Επίδαυρο, αλλά διαλύθηκε σχεδόν αμέσως, όταν έγινε γνωστή η πτώση του Μεσολογγίου. Συγκλήθηκε ξανά, την άνοιξη του 1827, στην Τροιζήνα, όπου και εξέλεξε Κυβερνήτη της Ελλάδος τον Ιωάννη Καποδίστρια με θητεία επτά ετών. Τέλος, ψήφισε το Πολιτικό Σύνταγμα της Ελλάδος, που βασιζόταν στην αρχή της διάκρισης των εξουσιών, διαπνεόταν από φιλελεύθερες ιδέες και ήταν το πιο δημοκρατικό σύνταγμα της εποχής του.