Η επανάσταση από την Πελοπόννησο και τη Στερεά Ελλάδα μεταδόθηκε σύντομα στα νησιά του Αιγαίου. Πρώτα επαναστάτησαν οι κοντινές Σπέτσες με τη Μπουμπουλίνα, τον Απρίλιο του 1821 και ακολούθησε η Ύδρα, με πρωτοστάτη τον πλοίαρχο Αντώνιο Οικονόμου. Στη συνέχεια ξεσηκώθηκαν τα Ψαρά, η Σάμος, η Κάσος και τα Δωδεκάνησα. Επαναστατική δραστηριότητα εκδηλώθηκε και στην Κρήτη, ιδιαίτερα στα Σφακιά, ενώ οι κάτοικοι των Κυκλάδων φάνηκαν διστακτικοί.

Τα εξεγερμένα νησιά συμμετείχαν αποφασιστικά στον μεγάλο ξεσηκωμό του 1821. Τα ελληνικά καράβια, παρόλο που ήταν λιγότερα σε αριθμό και μικρότερα σε χωρητικότητα, κυριαρχούσαν στο Αιγαίο, καθώς ήταν ταχύτερα και διέθεταν πληρώματα με μεγάλη ναυτική εμπειρία.

Οι Έλληνες ναυτικοί διακρίθηκαν σε τρία είδη πολεμικών επιχειρήσεων: α) στην πολιορκία παραθαλάσσιων κάστρων, όπως η Μονεμβασιά και το Ναυαρίνο και στην υποστήριξη χερσαίων μαχών από τη θάλασσα, β) σε καταδρομές στα παράλια της Μικράς Ασίας, όπου αιχμαλώτιζαν ή κατέστρεφαν εχθρικά πλοία, με αποτέλεσμα να παρεμποδίζεται ο τουρκικός στόλος να πλεύσει προς την Πελοπόννησο και γ) σε ναυμαχίες στο ανοιχτό πέλαγος, στις οποίες συμμετείχαν και τα περίφημα πυρπολικά, σκάφη γεμάτα με εύφλεκτο υλικό που προσδένονταν στα οθωμανικά πλοία και κατόπιν έπαιρναν φωτιά.

Σημαντική δράση στη θάλασσα ανέπτυξαν, ανάμεσα σε άλλους, οι Ψαριανοί Δημήτριος Παπανικολής και Κωνσταντίνος Κανάρης καθώς και ο Ανδρέας Μιαούλης από την Ύδρα.

Αντιδρώντας οι Τούρκοι, προχώρησαν σε αντίποινα σε βάρος του ελληνικού πληθυσμού που κατοικούσε στα παράλια της Μικράς Ασίας αλλά και στα νησιά. Τον Απρίλιο του 1822 η Χίος καταστράφηκε ολοκληρωτικά από Τούρκους στρατιώτες και οι περισσότεροι από τους κατοίκους της σφαγιάσθηκαν. Ήταν ένα γεγονός που συγκλόνισε τους χριστιανικούς λαούς της Ευρώπης.

Οι αποτυχίες του τουρκικού στόλου κατά το 1821 ανάγκασαν τον Σουλτάνο να ζητήσει τη συνδρομή του πασά της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή, ο οποίος διέθετε ένοπλες δυνάμεις εκπαιδευμένες από Ευρωπαίους αξιωματικούς.

Τα επόμενα χρόνια οι συγκρούσεις στη θάλασσα εντάθηκαν. Τους μήνες Μάιο και Ιούνιο του 1824 ενωμένος ο τουρκοαιγυπτιακός στόλος επιτέθηκε στην Κάσο και τα Ψαρά, που αποτελούσαν τις κύριες ναυτικές βάσεις των επαναστατημένων Ελλήνων. Κι ενώ η διχόνοια ταλάνιζε τους Έλληνες, Τούρκοι και Αιγύπτιοι αποβιβάστηκαν στα δύο νησιά και μετά από σκληρές μάχες με τους υπερασπιστές τους, τα κατέστρεψαν.

Σε ναυμαχία που πραγματοποιήθηκε τέλη Αυγούστου του 1824 στον κόλπο του Γέροντα, στα παράλια της Μικράς Ασίας, ο ελληνικός στόλος κατάφερε να νικήσει τον ογκώδη τουρκοαιγυπτιακό. Ο ναύαρχος Μιαούλης προκάλεσε σύγχυση στα εχθρικά πλοία με τους ελιγμούς που πραγματοποίησε, ενώ με επιτυχία χρησιμοποιήθηκαν και τα πυρπολικά, καταστρέφοντας μία φρεγάτα με 1.000 στρατιώτες και ναύτες. Μετά τη Ναυμαχία του Γέροντα, οι τουρκοαιγυπτιακές δυνάμεις διασκορπίστηκαν και υποχώρησαν αναζητώντας ασφαλές καταφύγιο.